Caracterisation genetique et biocontrole des Streptomyces spp. causant la gale commune de la pomme de terre dans les Maritimes

La gale commune de la pomme de terre, une maladie d'importance economique pour le Canada, est causee par Streptomyces scabies et autres especes apparentees. Le developpement de lesions necrotiques a la surface des tubercules de ce legume resulte d'une production de thaxtomines par l'agent pathogene. La proteine Nec1 contribue a la virulence de l'agent pathogene en assurant la colonisation maximale du site d'infection. Il a egalement ete propose que la tomatinase TomA soit impliquee au niveau de la virulence, bien que son role demeure inconnu. Presentement, aucune strategie de controle n'est suffisamment adequate pour proteger la pomme de terre contre cette maladie.La caracterisation des interactions entre un agent pathogene et un agent de biocontrole est egalement essentielle a l'implementation reussie d'une approche de controle d'une maladie. Ainsi, la capacite de souches de Pseudomonas spp. (LBUM 223, LBUM 300 et LBUM 647), productrices de composes antimicrobiens, a inhiber la croissance de S. scabies et a reprimer la transcription de genes de pathogenicite et/ou de virulence chez l'agent pathogene a ete evaluee a l'aide d'experiences de confrontation in vitro et de PCRs quantitatives couplees a la transcription inverse. Des organismes evalues, seul LBUM 223 a ete en mesure d'inhiber la croissance de S. scabies et de reprimer l'expression des genes txtA, txtC, nec1 et tomA chez l'agent pathogene.LBUM 223 produit de l'acide phenazine-l-carboxylique (PCA), un antibiotique participant au biocontrole de maladies. Le role du PCA dans l'inhibition de la croissance de S. scabies, la repression de l'expression de genes de biosynthese des thaxtomines et le controle de la gale commune de la pomme de terre par LBUM 223 a ete evalue. A cette fin, la capacite a produire du PCA a ete compromise chez LBUM 223. La mutation de phzC (gene de biosynthese des derives de phenazine) chez LBUM 223 a resulte en une perte de la capacite a produire le PCA. Une diminution de la capacite a inhiber la croissance de l'agent pathogene, une inhabilete a reprimer la transcription des genes txtA et txtC et une incapacite a controler la gale commune de ta pomme de terre en ont decoule, suggerant que la production de PCA est essentielle aux capacites de biocontrole exprimees par LBUM 223.Une caracterisation de la diversite des agents causaux de la gale commune de la pomme de terre dans les provinces des Maritimes ainsi que des interactions en jeu entre ces agents pathogenes et un agent de biocontrole prometteur, dont LBUM 223, constitue une etape importante a l'elaboration d'une strategie de biocontrole de la gale commune de la pomme de terre durable pour la region.La premiere etape a l'elaboration d'une strategie efficace de biocontrole consiste en une caracterisation de la diversite de l'agent pathogene. Ainsi, la diversite genetique et la distribution des Streptomyces spp. causant la gale commune de la pomme de terre dans les provinces des Maritimes (Canada) ont ete evaluees a l'aide (i) d'amplifications par reactions de polymerase en chaine (PCRs) d'elements repetitifs d'ADN et (ii) d'analyses phylogenetiques de genes d'interet taxonomique et de genes de pathogenicite et/ou de virulence. Les Streptomyces spp. pathogenes ont ete classes en dix groupes genetiques, dont huit retrouves chacun dans une seule province, suggerant une distribution geographique specifique. Les especes pathogenes dominantes causant la gale commune dans ces regions sont hautement apparentees a S. scabies. Streptomyces acidiscabies a egalement ete detecte au Nouveau-Brunswick. Les genes de biosynthese des thaxtomines (txtA et txtC) et le gene tomA ont ete retrouves dans le genome de chaque isolat. Contrairement au gene tomA, les sequences des genes txtA et txtC ont chacune presente un site polymorphique.MOTS CLES: Acide phenazine-1-carboxylique Antibiose Biocontrole Gale commune Pomme de terre Pseudomonas spp. Streptomyces scabies Thaxtomine A Transcription...